طرح جدید تحقیقاتی «ناحیه بندی و آنالیز اتوماتیک باند های پروتئینی حاصله از وسترن بلات با استفاده از روشهای پردازش تصویر و مقایسه آن با نتایج حاصل از نرم افزار Image J»
تکنیک وسترن بلات که «ایمونوبلات پروتئینی» نیز نامیده می شود، یک تکنیک مبتنی بر واکنش آنتی ژن- آنتی بادی است که برای شناسایی و تعیین میزان بیان پروتئین خاصی از بین مخلوطی از پروتئینها در یک نمونه استفاده می شود. این تکنیک به طور گسترده در زیست شناسی مولکولی و ایمنی زایی مورد استفاده قرار می گیرد. تقریبا بیش از 9 درصد مطالعات مرتبط با پروتئین از تکنیک وسترن بلات استفاده می کنند. روش وسترن بلات در واقع یک روش کیفی می باشد که امروزه بیشتر پژوهشگران، برای مقایسه و کمی کردن این روش از ابزارهای پردازش تصویر برای ناحیه بندی و آنالیز تصاویر باندهای پروتئینی استفاده می کنند. امروزه پر کاربردترین نرم افزاری که برای کمی کردن تصاویر وسترن بلات استفاده میشود نرم افزار ImageJ می باشد که در آزمایشگاههای تحقیقاتی و خدماتی کشور ما نیز توسط محققان و ارائه دهندگان خدمات آزمایشگاهی به کار برده می شود. یکی از چالش های استفاده از این نرم افزار در آنالیز تصاویر وسترن، ناحیه بندی تصاویر باندهای پروتئینی به صورت دستی است بگونه ای که علاوه بر دشواری، نیاز به دقت بالای کاربرداشته و روش بسیار زمان بری می باشد. نکته مهم دیگر تفاوتهای بین فردی در ناحیه بندی تصاویر باندهای پروتئینی به دلیل خطای دید انسانی است که میتواند منجر به بروز تفاوت در نتیجه آنالیز گردد. در این پروژه با استفاده از دانش بیوانفورماتیک و فناوری های یادگیری ماشین، نرم افزاری برای ناحیه بندی و پردازش نمونه تصاویر وسترن بلات منتج از تحقیقاتی که در مرکز تحقیقات علوم اعصاب، نوروبیولوژی و نوروفیزیولوژی انجام گردیده و در منابع علمی معتبر منتشر شده اند طراحی می گردد و پس از مقایسه نتایج آنالیز بدست آمده از نرم افزار طراحی شده با نتایج آنالیز به شیوه معمول با نرم افزار Image J; عملکرد نرم افزار و قابلیت اطمینان داده ها و نتایج بررسی می شود. این نرم افزار باید بتواند بدون دخالت کاربر و بصورت کاملا اتوماتیک و در مدت زمان خیلی کوتاه حجم زیادی از تصاویر وسترن بلات را ناحیه بندی و آنالیز کند.
نظر دهید